下列疾病应与本病作鉴别：
(一)寄生虫感染
周围血嗜酸粒细胞增多可见于钩虫、血吸虫、绦虫、囊类圆线虫所致的寄生虫病，各有其临床表现。
(二)胃肠道癌肿与恶性淋巴瘤
也可有周围血嗜酸粒细胞增高，但属继发性，应有癌肿与淋巴瘤的其他表现。
(三)嗜酸性肉芽肿
主要发生于胃和大肠、小肠呈局限性肿块，病理组织检查为嗜酸性肉芽肿混于结缔组织基质中。史少见，周围血中白细胞数及嗜酸性粒细胞常不增加。
(四)嗜酸粒细胞增多症
除周围血嗜酸粒细胞增高外，病变不仅累及肠道，还广泛累及其他实质器官，如脑、心、肺、肾等，其病程短、预后差，常在短期内死亡。
