由于本病较为罕见，有时会被临床医生忽略，但根据或痢疾病史及有关检验，可以做出诊断。最可靠的诊断是从阴道分泌物中(同时检查患者的粪便)找到阿米巴滋养体。可用直接涂片法或培养法找溶组织内阿米巴(entamoeba histolylica)原虫，以及病灶的病理学检查。对分泌物检查阴性的阴道慢性溃疡病例，更应做活组织检查。
