早期诊断，及时采用二性霉素b或酮康唑对原发性阿米巴性脑膜脑炎有时有效，剂量与用法同隐球菌性脑膜炎。四环素、利福平、磺胺嘧啶也有一定效果。一般抗阿米巴药无效。肉芽肿性阿米巴脑炎可试用双脒类衍生物如丙烷脒、戊烷脒等。眼部感染时需局部清创，1％硝基咪康唑、0．1％乙羧基巴龙霉素眼药水或丙烷脒局部应用3～4周。
